一个色导航 来吧，Panel 起来！ - XCapert 探针经营平台
配景一个色导航
靶向拿获测序在对基因组部分区域富集后，再进行核苷酸变异、插入缺失、拷贝数变异和基因重排等检测，可灵验裁减测序老本。靶向富集主要达成格式有两种，一是通过多重 PCR 凯旋扩增靶区域，二是通过寡核苷酸探针，对预文库杂交拿获达成。由于多重 PCR 存在交叉扩增和扩增遵循不均一等原因，适用场景有限。基于探针 (Probe & Panel) 的杂交富集格式，既兼容多种变异类型检测，也易于优化，赢得较佳的测序均一性，因而得到了等闲运用[1]。
针对通用需求，已有多家公司提供目次化 Panel 及杂交拿获决策，举例全外显子和泛癌种运用。凯旋购买商品化 Panel 比重新经营愈加值得推选，因为这些 Panel 时常仍是过考据和优化。但当某些执行或者检测需要针对特定基因、固定疾病或者突出信号通路时，则需要定制 Panel 的经营合成。定制 Panel 经营需要谈判到靶区域的遴荐、探针位置和格式，这些身分既与拿获成果凯旋联系，也凯旋影响合成的老本 (表 1)。
表 1. Panel 经营时纳入考量的身分
XCapert 在线经营平台
为了提供愈加高效的 Panel 经营管事，纳昂达基于 > 100 万条探针考据优化的算法，近期推出了 XCapert 在线经营平台 ()，可提供针对东说念主源参考基因组的 DNA 拿获和 RNA 拿获的 Panel 经营历程，同期也包括甲基化和微生物见识的运用经营。用户不仅可自动化获取专科化经营完了，荟萃 NGS-QC based 质检和配套杂交试剂，也更容易、快速伸开靶向拿获执行。
图 1丨XCapert 在线探针经营云平台
能够输入
XCapert 兼容多种数据库神态的输入，举例基因名、基因 ID、Ensembl ID、SNP 位点、转录本 NM 号、CCDS 以及 Bed 神态，并可达成智能识别。用户凯旋将靶区域信息粘贴至文本框或以 TXT 文献上传，即可完成输入。如输入区域不正确或存在基因同名的情形，平台则识别后供遴荐阐明，而无需反复调解输入 (图 2)。
图 2丨探针经营骨子输入神态示例若是靶区域含有东说念主基因组上的访佛序列，如Tandem repeats 或 Interspersed repeats，经营出的探针因特异性欠安，将导致中靶率急剧裁减。XCapert 平台接受 homology-based 的措施，在对各数据库收录的访佛序列基础上评估序列相通性，达成对靶标区域的分级屏蔽。一种是 remove all risk genome region，指去除靶区域中统统风险区域，从而保证探针的特异性并提高拿获中靶率，但可能裁减对部分靶区域的遮掩度；另一种是 remove high risk genome region，指仅去除高风险区域，此时经营完了将包含安全探针和风险探针，需要用户截止进行探针摊派，便于优化和改造。这么作念的平正是可最大界限提高遮掩进程，又兼顾拿获中靶率 (图 3)。
图 3 | 常见发生会通的 ROS1 intron 区域离别遴荐 remove high risk 和 remove all risk 时，2 种访佛序列屏蔽模式完了存在显赫区别。
DNA & RNA Panel 经营
DNA 和 RNA Panel 运用场景不同，离别靶向基因组和转录本，故经营念念路和算法也不同。当收用 2x 经营时，DNA Panel (2x) 以靶区域上游 60 bp 为首先，每隔 60 bp 甩掉一条探针；RNA Panel (2x) 先将给定基因的一说念转录本按 60 bp 阻隔进行 2x 经营，然后再通过算法进行团结、去重和再经营，达成探针去冗余，从而以最少的探针数达到最好的遮掩成果 (图 4)。
图 4 | DNA Panel 和 RNA Panel 经营示例
MSI Panel 经营
微卫星序列多为短串联访佛序列，成例经营时常难以达到梦想的拿获完了。以微卫星位点 BAT-40 为例，当使用成例的叠瓦式经营（图 5，Normal Design），拿获完了在访佛序列区域存在明显裁减，而优化决策则可大幅提高拿获遵循，达成更好的均一性（图 5，Optimized Design）。XCapert平台针对突出变异类型，举例 MSI、HLA、长片断插入缺结怨基因重排等区域，可进行自动检测和优化经营[2]，从而让这些难点区域拿获愈加精确，让变异无处藏匿。
图 5 | 微卫星位点 BAT-40 经营示例
快速获取
现在 XCapert 探针在线经营平台() 已通达，且面向统统东说念主免费，浅显注册后即可使用 DNA 探针、RNA 探针和甲基化运用。成例经营下，10 min 内即可得到高质料的探针经营决策和论说 (图6)。
图 6 | 探针经营完了示例
平台内还有经营补充、下单调度等功能，经营完成后即可达成一键下单，也便于日后搜检更新。
来吧，Panel 起来！参考文献
yqk 勾引[1] Kozarewa I， Armisen J， Gardner A F， et al. Overview of target enrichment strategies[J]. Current protocols in molecular biology， 2015， 112(1): 7.21. 1-7.21. 23.
[2] Dapprich J一个色导航， Ferriola D， Mackiewicz K， et al. The next generation of target capture technologies-large DNA fragment enrichment and sequencing determines regional genomic variation of high complexity[J]. BMC genomics， 2016， 17(1): 1-14.